今年6月，云南省环保部门在对阳宗海水质进行例行监测时发现，水中砷含量超标，省环保局立即派出专家对此事进行调查。通过对阳宗海周边企业的检查，发现只有云南澄江锦业工贸有限责任公司的生产环节中能产生砷，因此责令锦业立即停止生产，接受调查。
据一位环保部门的工作人员透露，锦业公司的污染问题已存在多年，2007年锦业公司还被玉溪市环保局列为市级挂牌督办项目，但一直到今年6月阳宗海水质出现严重问题才停了生产。现在最大有隐患是，锦业公司生产磷肥所产生的几百万吨废渣——磷石膏就堆在工厂附近的山箐里，虽然已在环保部门的督促下以黄土进行覆盖，但废渣水会不会渗透出来，进而影响阳宗海水质还在进一步调查处理中。
记者从锦业公司设在阳宗海的取水口负责取水化验的两名工作人员那里也得到证实，公司停工已经两个月，主要是因为阳宗海的水质出现了砷超标。
在锦业公司办公楼里，记者见到了公司经理李耀鸿。他告诉记者，
李耀鸿说，近年来，公司已陆续投资2000多万元对以前的生产线配置了环保设施。“做企业就要履行自己的社会责任，如果环保搞不好，企业就不能生存，更不用说发展。知道阳宗海水质砷超标后，我们也非常着急。停产后对整个生产线进行了全面检查。”
李耀鸿解释说，公司生产磷肥时，所需原料磷矿石中伴生有砷，但经过各种工序，在半成品时，砷就被消耗了，不会对环境产生污染。而且因生产需水量不太大，公司没有排污口，同时生产和生活污水都进行循环使用，不外排。公司距离阳宗海直线距离有1500米远，不可能影响到阳宗海水质。
李耀鸿说，如果公司有直排、暗排或倾倒废渣等情况那就是公司的责任了，但7月初，省环境监察部门的工作人员用一台价值40多万元的进口设备对公司进行全面探测是否有暗管，都没有检查到。公司的磷肥生产线是2006年就开始试生产了，经过了2年生产都没有出现砷超标问题。
对于记者提问的磷石膏废渣处理问题，李耀鸿说，因为现在国内还没有对磷石膏很好的处理办法，公司已按环保要求修建了废渣库，并进行了防渗处理，目前堆渣场已堆积了30万吨磷石膏废渣。李耀鸿承认，因为原料磷矿石中含有砷，废渣中可能还会有砷的残留。