近期，环境保护部和国土资源部又联合发布了2005—2013年全国土壤污染状况调查公报。结果显示，在实际调查面积630万km2中，全国土壤环境状况总体不容乐观，部分地区土壤污染较重，全国土壤总超标率16.1%，土壤污染已成为我国许多地方的“公害”。
在土壤污染严重的形势下，相关土肥专家建议，可以通过农艺手段如增加土壤有机质、施用土壤调理剂、采用生物吸收法等能够钝化、减轻甚至修复大多数的超标土壤。加之，近年来，我国微生物肥料行业发展迅速，大量具有特殊功能的微生物制品和新型微生物肥料问世，因此向土壤中施入微生物肥料将是土壤生态修复的重要发展方向。
首先，国家支持微生物肥料发展，同时鼓励进行微生物肥料在“土壤调理”方面的技术研发。生物产业是我国七大战略性新兴产业之一，生物肥料部分则是生物产业的重要部分。2012年12月国务院发布《生物产业发展规划》，微生物肥料被纳入到“农用生物制品发展行动计划”，明确提出要加快突破“保水抗旱、荒漠化修复、磷钾活化、抗病促生、生物固氮、秸秆快速腐熟、残留除草剂降解及土壤调理”等生物肥料的规模化和标准化生产技术瓶颈，提升产业水平。
其次，我国的微生物资源具有菌种资源丰富、微生物肥料产品种类繁多、应用范围广泛的特点。丰富的微生物资源为发展微生物肥料产业提供了保证，同时我国微生物种类多样的特点又于土壤中的污染物种类较多的现实相对应，可以修复土壤中的多种污染物。
最后，微生物肥料生产成本低，利于农民接受，可以在农村进行大范围推广使用，在与无机肥料共同使用的基础上，减少无机肥料的使用量，同时起到修复土壤的作用。