自2015年9月1日起，我国对纳税人销售和进口的化肥统一按13%税率征收增值税，原有的增值税免税和先征后返政策相应停止执行。这意味着，化肥行业的市场化道路正式拉开序幕。
自1994年以来，我国陆续对国内生产流通和进口的部分化肥品种实行免征或者先征后返增值税的优惠政策，在保障化肥供应、支持农业生产等方面发挥了积极作用。但随着国内外供应形势的变化，这些政策的弊端日益显现：一方面氮肥和磷肥产能过剩日趋严重，钾肥市场也出现供过于求的市场局面，出口市场持续疲弱、企业开工率较低、多数企业处于亏损的困境，国内化肥产能过剩压力巨大，亟须缓解；另一方面，我国农民长期过度施用化肥，导致土壤质量和生态环境遭到破坏。为此，国家提出化肥用量在2020年实现零增长的目标。
化肥复征增值税，对化肥生产企业来说，无疑是一次巨变。在氮、磷、钾、复合肥中，由于氮肥和磷肥企业的纳税人可以将原来计入成本的煤、电、硫磺、氨、磷矿石等原料购进时支付的增值税额从成本中剥离出来，用作进项税抵扣。已经实施“营改增”的运输费用、仓储费用，动产设备购进价款中所含的进项税，以及即将启动的房地产“营改增”之后再建立的厂房，都可以进项抵扣。因此，对氮肥和磷肥行业影响较小，平均每吨成本约提高40~50元。
而对资源型钾肥来说，增值税的影响较大，预计每吨出厂成本上涨150~200元。由于我国钾肥进口依赖度较高，增值税征收后，对进口钾肥的影响大于国产钾肥。
8月28日，财政部、国家税务总局联合发布了《国家关于对化肥征收增值税的补充通知》（以下称《补充通知》），规定2015年9月1日—2016年6月30日，对增值税一般纳税人销售的库存化肥，允许选择按照简易计税方法依照3%征收率征收增值税。此次《补充通知》体现了国家对化肥行业的支持，给予了化肥行业半年多的缓冲时间，对于化肥行业的长期稳定发展有重大促进作用。
业内专家表示，从短期来看，征收增值税对企业不利，但长远来看将适度提高化肥企业成本，加速淘汰规模小、设备落后、盈利能力差的小企业，有利于化肥行业竞争格局优化，提升化肥行业运行的规范度。