2000年，云南磷化集团正式组成课题组开展技术攻关，历经数年努力，终于开发出系列新型选矿药剂及配套新工艺。2007年，他们在实验室小试、1000 t级扩试和10000 t级工业性试验的基础上，完成了中低品位胶磷矿选矿成套技术开发，建成了2套200万t/a选矿厂生产线，使中低品位胶磷矿平均产率达65.20%，平均回收率达84.71%，为全省20.5亿t的中低品位磷矿资源开发利用及加工开辟了1条有效途径。同时，还对我国硅钙质中低品位难选胶磷矿的开发利用开辟了光明的前景。他们研发的选矿药剂，经世界试剂行业巨头瑞典阿克苏公司和美国阿麦仔公司实验，经济技术指标均超过其试剂水平。
除选矿药剂外，磷化集团还先后创造了“露天长壁式”采矿法、擦洗选矿法、钙质磷块岩选矿、风化胶磷矿擦洗脱泥开发等科研成果，使采矿的开采强度提高了70%，贫化率降低了69.7%，损失率降低了11%；使擦洗选矿的产率达91.5%、回收率达92.3%。一批成果分别荣获了国家科技进步一等奖和国家部委及省一、二、三等奖。
科技创新已成为磷化集团发展的“助推器”。该集团依靠科技成果的转化运用，每年增加销售收入4亿余元。