《决定》提出，取消对化肥经营企业所有制性质的限制，允许具备条件的各种所有制及组织类型的企业、农民专业合作社和个体工商户等市场主体进入化肥流通领域，参与经营，公平竞争。申请从事化肥经营的个体工商户要有相应的经营场所；企业注册资本（金）、个体工商户的资金数额不得少于3万元；申请在省域范围内设立分支机构、从事化肥经营的企业，企业总部的注册资本（金）不得少于1000万元；申请跨省域设立分支机构、从事化肥经营的企业，企业总部的注册资本（金）不得少于3000万元。
《决定》还提出，国家鼓励大型化肥生产、流通企业以及具备一定实力和规模的社会资本通过兼并重组等方式，整合资源，发展连锁和集约化经营。对建设和完善区域性化肥交易市场以及化肥储备、经营与现代物流设施的，各级政府要积极予以扶持。化肥交易市场要建立健全化肥产品质量管理制度，不断完善交易规则，有效保护客户的合法权益。
《决定》强调，化肥经营应明码标价，化肥的包装、标识要符合有关法律法规规定和国家标准。化肥生产和经营者不得在化肥中掺杂、掺假，以假充真、以次充好或者以不合格商品冒充合格商品。化肥经营者要对所销售化肥的质量负责，如果化肥存在质量问题，消费者可根据质量保证证明依法向销售者索赔。