历经近11年，化肥流通体制改革向前再次迈出关键一步。国务院
《决定》在放开化肥经营限制，取消对化肥经营企业所有制性质限制的基础上，制定了化肥经营的准入条件。条件规定：申请从事化肥经营的个体工商户要有相应的经营场所，注册资本（金）数额不得少于3万元人民币；申请在省域范围内设立分支机构、从事化肥经营的企业，企业总部的注册资本（金）不得少于1000万元人民币；申请跨省域设立分支机构、从事化肥经营的企业，企业总部的注册资本（金）不得少于3000万元人民币。满足注册资本（金）、资金数额条件的企业、个体工商户等可直接向当地工商行政管理部门申请办理登记，从事化肥经营业务。企业从事化肥连锁经营的，可持企业总部的连锁经营相关文件和登记材料，直接到门店所在地工商行政管理部门申请办理登记手续。
在规范企业经营行为上，《决定》要求化肥经营者应建立进货验收制度、索证索票制度、进货台账和销售台账制度，相关记录必须保存至化肥销售后两年，以备查验。化肥经营者要对所销售化肥的质量负责，在销售时应主动出具质量保证证明，如果化肥存在质量问题，消费者可根据质量保证证明依法向销售者索赔等内容。
在强化市场监督管理的条款中，《决定》明确了农业、质检、工商、物价、海关等部门的监管职责，要求各有关部门要加强信息共享，协同开展农资打假，提高行政效能，依法加强监督管理工作。地方各级人民政府要维护公平竞争的市场秩序，坚决破除地方保护主义。
《决定》表示，国家鼓励大型化肥生产、流通企业以及具备一定实力和规模的社会资本通过兼并重组等方式，整合资源，发展连锁和集约化经营。对建设和完善区域性化肥交易市场以及化肥储备、经营与现代物流设施的，各级政府要积极予以扶持。
从1998年11月国发〔1998〕39号文件发布以来，化肥流通开始了市场化进程的转变。2006年底，中国化肥流通领域向外资企业全面放开后，加快化肥行业完全市场化进程提到了议事进程，2005年6月国家发改委提出了《改革和完善化肥价格调控机制的方案(征求意见稿)》。
业内人士认为，该《决定》明确取消了对化肥经营企业所有制性质及行业的限制，明确设立了化肥经营者的资质要求，对化肥流通领域市场化进程起到了重要的作用，有利于化肥市场长期稳定健康发展，并为当前不景气的化肥市场注入了新的活力。