根据方案，南京市今后凡是新上化工项目，都面临两个“不”——投资不得低于8000万元，不得在化工园及配套区和金陵石化区域之外落地。之前，南京对于新上化工项目设定准入门槛仅为3000万元。小化工数量多、布局散，导致治理难度、投入增加。该市上一轮化工污染治理为期3年，市政府7次下达“集中关闭小化工”的决定，关闭了162家生产工艺落后、污染严重的化工生产企业，全市化工生产企业总数降至489家，企业技改投入高达360亿元。
眼下，南京已将小化工淘汰目标纳入全市国民经济和社会发展奋斗目标体系加以落实，并将化工项目的审批权上收至市级职能部门。在新一轮化工污染治理中，通过严格框定项目区域、大幅提高准入门槛，实现源头控制。随着长江二桥地区66个化工企业关停并转，南京化工污染治理的下一记“重拳”主要指向燕子矶与原大厂地区。目前市政府已成立专门指挥部，对这两个地区化工企业的优化、整治和搬迁已经全面启动。原大厂区域内化工企业集中且类型不一，排污总量大且种类复杂。加上一些老厂设施老化易致泄漏，一些新厂工况不稳易致排污异常等隐患，整体治污控污难度较大。该地区将关停一批工况老旧、污染严重的小化工。
南京市环保部门还规定，不符合产业政策和区域规划的建设项目、对环保“三同时”管理制度执行不到位、污染物排放不达标的企业，将无法获得试生产资格和通过验收。