近来，业界围绕化肥关税政策问题出现了争议，一些生产厂家希望不做调整。从推动产业健康、可持续发展的角度来看，对现行化肥关税政策进行调整乃势在必行。其主要原因有以下三点：
首先，我国化肥行业发展的定位决定了关税需要调整。我国对化肥行业的定位非常明确，并不是简单意义上的出口型行业，而主要是保障国内供给，为农业生产和农民服务。只有在保障了国内供给，同时又不会对国内市场产生较大影响的前提下，才可适量出口。现在国内化肥出口量这么大，理应进行调整。
其次，我国对化肥生产的诸多优惠，决定了关税政策需要调整。为降低农民购肥成本，我国对化肥行业给予了诸多优惠政策，虽然现在优惠幅度不断减少，但化肥企业仍享受电价、天然气价格、铁路运价以及税收等方面的优惠。这些优惠本来是要给国内农民的，出口化肥就相当于把优惠政策让给别人，肥水流到了外人田。同时，化肥属于高能耗产品，出口化肥就相当于出口能源，而我国对能源的直接出口以及高能耗、高资源型产品都是严格控制的，大量出口化肥显然对国家不利。
再次，现行关税政策存在缺陷，具有调整的必要性。一方面，基准价格太高，形同虚设而难起作用；另一方面，对化肥淡储也不利。现在的化肥关税政策基本是上半年高关税，下半年低关税，但国际市场下半年是需求旺季，这样往往导致我国下半年化肥出口量大增，价格也随之大涨，淡季价格反过来比旺季价格高，今年就是典型的例子。这就使得经销商面临较大的风险，使化肥淡储受到影响。
有识之士指出，新的关税政策将出现两点变化：一是基准价格要下调，现关税方案中尿素、磷酸一铵、磷酸二铵基准价格是在2008年11月份制订的，当时正处于国际金融危机后期，整个化肥价格并未跌到位，在近两年的化肥出口中没有有效发挥调节出口的作用；二是增加备肥期，将目前的淡旺季两个时间段，调整为用肥淡季、备肥期及用肥旺季三个时间段，在用肥淡季执行低关税税率，而在春耕备肥期及用肥旺季均执行高关税税率，以更好地满足国内用肥需要。
虽然化肥关税调整将面临一定的阻力，但长远看来则是大势所趋，企业应对此做好准备。